Der Ursprung der besonderen Beziehungen zwischen Freiburg und Wiwilí liegt im Jahr 1980. Damals begann der Freiburger Arzt Albrecht „Tonio“ Pflaum im Auftrag des Deutschen Entwicklungsdienstes am Aufbau einer medizinischen Versorgung für Wiwilí mitzuarbeiten. Im April 1983 wurde er von der „Contra“ ermordet.
Die so genannte „Contra“ war eine Söldnertruppe, die von den USA finanziert wurde. Ihr Ziel war es, die linke sandinistische Regierung , die in den achtziger und neunziger Jahren in Nicaragua herrschte, zu destabilisieren.
Bei dem Bau eines Projektes zur Trinkwasserversorgung in Wiwili wurde 1986 ein zweiter Freiburger, Berndt Koberstein, von der Contra ermordet.
Wiwilí liegt im Norden Nicaraguas. Zu den beiden Kerngemeinden gehören jeweils große ländliche Gebiete mit einigen Dörfern und Siedlungen die bis an die Grenze Honduras reichen. Mitten durch die beiden getrennten Verwaltungszonen Wiwilí-Jinotega und Wiwilí-Nueva Segovia fließt der Río Coco.
Zwischen 1984 und 2012 wurden mit EU-Mitteln in einem Umfang von fast 4 Millionen Euro und dem jährlichen Finanzierungsanteil der Stadt von 25 000€ ein Trinkwasserleitungs-, Ökologie- und Landwirtschaftsprojekt mit Wiederaufforstung und Erosionsschutzmaßnahmen, Gesundheitsprojekte, Frauenprojekte und Umweltschutzmaßnahmen und der Aufbau eines Radioprojektes durchgeführt.
Nach dem Abschluss der EU-Projekte wurden dezentrale Trinkwasserleitungsprojekte mit Unterstützung von NAKOPA „Nachhaltige Kommunalentwicklung durch Partnerschaftsprojekte“gebaut. Der NAKOPA-Antrag wurde von der Stadt Freiburg gestellt. Bildungsprojekte , Patenschaftsprojekte, Unterstützung des Radio-Projektes, Öffentlichkeitsarbeit zur Situation in Wiwilí und in Nicaragua und Gesundheitsprojekte – diese Themen und Projekte fördert, finanziert und organisiert der Verein seit Anbeginn bis heute.
Der Wiwilí-Verein versteht sich nicht als alternative Entwicklungshilfeagentur, sondern will neben nachhaltiger direkter Hilfe vor allem Kontakte zwischen der Bevölkerung beider Städte fördern, zur Völkerverständigung und zum Abbau des Nord-Süd-Konfliktes beitragen. Am 20.10.1988 wurde der Städtefreundschaftsvertrag von dem Bürgermeister von Wiwilí, Don Javier Barahona, und dem Oberbürgermeister der Stadt Freiburg, Rolf Böhme, unterzeichnet. Am 26.10 2018 wurde in Freiburg die Partnerschaftsurkunde mit Wiwilí-Nueva Segovia und Wiwilí-Jinotega unterzeichnet.